Le canton de Berne est riche de nombreux ruisseaux, rivières et lacs. De plus, il abrite des types de milieux aquatiques spécifiques et uniques en Suisse. On peut citer à titre d’exemple :

• les tronçons non aménagés de l’Aar (Thoune-Berne, Wynau),
• les lacs préalpins,
• le lac de Bienne,
• les canaux du Seeland.

Les différentes formes d’exploitation des cours d’eaux (production d’énergie, extraction de gravier) et les interventions sur l’aménagement des rives et des cours d’eau nuisent à l’habitat de plusieurs espèces de poisson et d’écrevisse.

Le canton de Berne agit sur plusieurs fronts pour préserver et/ou reconstruire •l'habitat d’espèces menacées, ainsi que pour promouvoir directement •les espèces menacées :

• exigences visant •l'aménagement des cours d'eau au plus proche de l'état naturel, 
• •régénération des cours d’eau et des rives,
• •interdiction de pêcher les espèces menacées,
• •élevage et réintroduction de poissons et d’écrevisses qui ne peuvent plus se reproduire naturellement.