Die Schutzziele, die in einem Naturschutzgebiet erreicht werden sollen, sind im Schutzbeschluss festgelegt. Je nach Gebiet können diese Ziele sehr unterschiedlich sein.
Natürlich gebliebene Lebensräume müssen hauptsächlich vor schädigenden Einflüssen beschützt werden. So muss z.B. in einem ungestörten Hochmoor "nur" dafür gesorgt werden, dass nicht weiter abgetorft, entwässert oder gedüngt wird oder dass die empfindliche Hochmoorvegetation nicht durch Tritt zerstört wird. So ist es leicht zu verstehen, dass solche Hochmoore in der Regel nicht mehr betreten werden dürfen. Damit man Hochmoore aber dennoch besichtigen kann, werden häufig Wege oder Aussichtsplattformen angelegt.
Als Grundlage für solche Besucherlenkungsmassnahmen in den Naturschutzgebieten dienen Kartierungen der Pflanzendecke (Vegetation). In den Allgemeinen Kriterien für die Aufnahme von botanischen Inventaren sind die Vorgaben festgelegt, wie solche Kartierungen durchzuführen sind. Diese Kartierungen dienen auch als Grundlage für die Planung und Durchführung der Pflege und Aufwertung von Schutzgebieten. Je nach vorkommender Vegetation müssen andere Pflegemassnahmen ergriffen werden.